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2024年における世界のシングルセルマルチオミクス市場は、その規模が46億米ドルに達しました。IMARCグループの最新の予測によれば、この市場は今後も顕著な成長を続け、2033年までには166億米ドルという大幅な拡大を遂げると見込まれています。具体的には、2025年から2033年の予測期間において、年平均成長率（CAGR）は14.6%という高い水準で推移すると予測されており、これはこの分野への投資と関心が急速に高まっていることを示唆しています。
シングルセルマルチオミクスとは、個々の細胞から複数の種類の生体分子を同時に分析する革新的な技術です。このアプローチは、細胞集団内の多様性や不均一性を詳細に解明することを目的としています。具体的には、細胞の遺伝情報であるゲノム（シングルセルゲノミクス）、遺伝子発現情報であるトランスクリプトーム（シングルセルトランスクリプトミクス）、タンパク質情報であるプロテオーム（シングルセルプロテオミクス）、そして代謝物質情報であるメタボローム（シングルセルメタボロミクス）といった、複数の「オミクス」データを単一細胞レベルで統合的に解析します。これにより、細胞の機能や状態に関する包括的かつ高解像度の理解が可能となります。
この技術は、神経学、免疫学、細胞生物学、そして特にがん研究を含む腫瘍学といった、生命科学および医学の多岐にわたる分野で広く応用されています。例えば、複雑な組織における細胞集団のアーキテクチャや、個々の細胞が持つ独自の特性を深く理解する上で不可欠なツールとなっています。不均一な組織、例えば腫瘍微小環境などにおいて、特定の細胞サブタイプが疾患の進行にどのように寄与しているかを明らかにするために、その価値は計り知れません。
シングルセルマルチオミクスは、単一細胞の分離および分注技術を駆使して、細胞内の分子層や複雑な生物学的構造を詳細な画像として提供します。従来の生細胞蛍光イメージング技術と比較すると、この技術は分析のために細胞を破壊する必要がないという決定的な利点を持っています。さらに、単一細胞から複数の種類の分子を同時に、かつ非破壊的に測定できるため、細胞の自然な状態を保ちながら、より包括的な情報を得ることが可能です。このような優れた特性から、バイオテクノロジー企業や製薬企業における新薬開発、病院での診断精度の向上、学術・研究機関における基礎研究の推進、そして診断ラボでの疾患マーカーの特定など、幅広い組織でその採用が急速に進んでいます。
市場成長の主要な推進要因の一つとして、がんや伝染性ウイルス疾患といった慢性疾患の有病率が世界的に増加している点が挙げられます。これらの疾患の複雑な病態を解明し、より効果的な診断法や治療法を開発するためには、細胞レベルでの詳細な理解が不可欠です。シングルセルマルチオミクスは、疾患の早期発見、個別化医療の実現、そして新たな治療標的の特定において、これまでにない高解像度の分析能力を提供することで、その需要を強力に押し上げています。
シングルセルマルチオミクス市場は、腫瘍内の細胞構成を詳細に把握する能力の向上、および細胞の不均一性、腫瘍微小環境の分析、抗体開発における可視化・分析のための製品の広範な採用により、現在、目覚ましい成長を遂げています。この市場の拡大を強力に後押しする主要な要因は、デオキシリボ核酸（DNA）、メッセンジャーリボ核酸（mRNA）、タンパク質プロファイルを単一細胞解像度で高精度に測定することを可能にする、シングルセル分離技術やバーコーディング技術といった画期的な技術開発です。これらの革新的な進歩は、市場全体に強力な推進力をもたらし、新たな研究領域と応用可能性を切り開いています。
さらに、グローバルな製薬産業における著しい成長も、シングルセルマルチオミクス市場の発展に極めて肯定的な影響を与えています。遺伝性疾患の治療における個別化医療の採用が世界的に増加している傾向、および医療インフラの大規模な改善が継続的に進められていることも、今後数年間にわたり市場をさらに成長させる重要な要因となると広く予測されています。
IMARC Groupが提供する最新のグローバルシングルセルマルチオミクス市場レポートでは、2025年から2033年までの期間における世界、地域、および国レベルでの詳細かつ包括的な予測とともに、各サブセグメントにおける主要なトレンドが綿密に分析されています。このレポートは、市場を
本レポートは、グローバルシングルセルマルチオミクス市場に関する包括的な分析を提供します。競争環境のセクションでは、市場を牽引する主要企業群、すなわち10x Genomics、Becton, Dickinson and Company、BGI、Bio-Rad Laboratories, Inc、Bruker Spatial Biology, Inc.、Illumina, Inc.、Miltenyi Biotec、Mission Bio、NanoCellect Biomedical、Qiagen N.V.、Standard BioTools、Takara Bio Inc.、Thermo Fisher Scientific Inc.などの詳細な企業プロファイルが網羅されており、各社の戦略や市場での位置付けが深く掘り下げられています。
地理的範囲としては、北米（米国、カナダ）、アジア太平洋（中国、日本、インド、韓国、オーストラリア、インドネシア、その他）、欧州（ドイツ、フランス、英国、イタリア、スペイン、ロシア、その他）、ラテンアメリカ（ブラジル、メキシコ、その他）、中東・アフリカといった広範な地域が対象とされています。特に、米国、カナダ、ドイツ、フランス、英国、イタリア、スペイン、ロシア、中国、日本、インド、韓国、オーストラリア、インドネシア、ブラジル、メキシコといった主要国々が詳細な分析の対象に含まれています。
レポートの主要な特徴と詳細については、以下の通りです。分析の基準年は2024年であり、2019年から2024年までの歴史的期間のデータが用いられています。市場の将来予測は2025年から2033年までの期間を対象とし、市場規模は10億米ドル単位で評価されます。セグメントカバレッジは多岐にわたり、タイプ、製品タイプ、技術、アプリケーション、エンドユーザー、そして地域といった様々な側面から市場が分析されます。
購入後のサービスとして、顧客は10%の無料カスタマイズを利用でき、さらに10～12週間にわたる専門アナリストによるサポートが提供されます。レポートの納品形式は、通常PDFおよびExcelファイルがメールを通じて提供されますが、特別なご要望に応じてPPT/Word形式の編集可能なバージョンも提供可能です。
1 序文
2 調査範囲と方法論
2.1 調査目的
2.2 関係者
2.3 データソース
2.3.1 一次情報源
2.3.2 二次情報源
2.4 市場推定
2.4.1 ボトムアップアプローチ
2.4.2 トップダウンアプローチ
2.5 予測方法論
3 エグゼクティブサマリー
4 はじめに
4.1 概要
4.2 主要な業界トレンド
5 世界のシングルセルマルチオミクス市場
5.1 市場概要
5.2 市場実績
5.3 COVID-19の影響
5.4 市場予測
6 タイプ別市場内訳
6.1 シングルセルゲノミクス
6.1.1 市場トレンド
6.1.2 市場予測
6.2 シングルセルプロテオミクス
6.2.1 市場トレンド
6.2.2 市場予測
6.3 シングルセルトランスクリプトミクス
6.3.1 市場トレンド
6.3.2 市場予測
6.4 シングルセルメタボロミクス
6.4.1 市場トレンド
6.4.2 市場予測
7 製品タイプ別市場内訳
7.1 消耗品
7.1.1 市場トレンド
7.1.2 市場予測
7.2 機器
7.2.1 市場トレンド
7.2.2 市場予測
7.3 ソフトウェア
7.3.1 市場トレンド
7.3.2 市場予測
8 技術別市場内訳
8.1 シングルセル分離と分注
8.1.1 市場トレンド
8.1.2 市場予測
8.2 シングルセル解析
8.2.1 市場トレンド
8.2.2 市場予測
9 用途別市場内訳
9.1 腫瘍学
9.1.1 市場トレンド
9.1.2 市場予測
9.2 細胞生物学
9.2.1 市場トレンド
9.2.2 市場予測
9.3 神経学
9.3.1 市場トレンド
9.3.2 市場予測
9.4 その他
9.4.1 市場トレンド
9.4.2 市場予測
10 エンドユーザー別市場内訳
10.1 学術機関
10.1.1 市場トレンド
10.1.2 市場予測
10.2 受託研究機関
10.2.1 市場トレンド
10.2.2 市場予測
10.3 製薬・バイオテクノロジー企業
10.3.1 市場トレンド
10.3.2 市場予測
11 地域別市場内訳
11.1 北米
11.1.1 米国
11.1.1.1 市場トレンド
11.1.1.2 市場予測
11.1.2 カナダ
11.1.2.1 市場トレンド
11.1.2.2 市場予測
11.2 アジア太平洋
11.2.1 中国
11.2.1.1 市場トレンド
11.2.1.2 市場予測
11.2.2 日本
11.2.2.1 市場トレンド
11.2.2.2 市場予測
11.2.3 インド
11.2.3.1 市場トレンド
11.2.3.2 市場予測
11.2.4 韓国
11.2.4.1 市場トレンド
11.2.4.2 市場予測
11.2.5 オーストラリア
11.2.5.1 市場トレンド
11.2.5.2 市場予測
11.2.6 インドネシア
11.2.6.1 市場トレンド
11.2.6.2 市場予測
11.2.7 その他
11.2.7.1 市場トレンド
11.2.7.2 市場予測
11.3 欧州
11.3.1 ドイツ
11.3.1.1 市場トレンド
11.3.1.2 市場予測
11.3.2 フランス
11.3.2.1 市場動向
11.3.2.2 市場予測
11.3.3 英国
11.3.3.1 市場動向
11.3.3.2 市場予測
11.3.4 イタリア
11.3.4.1 市場動向
11.3.4.2 市場予測
11.3.5 スペイン
11.3.5.1 市場動向
11.3.5.2 市場予測
11.3.6 ロシア
11.3.6.1 市場動向
11.3.6.2 市場予測
11.3.7 その他
11.3.7.1 市場動向
11.3.7.2 市場予測
11.4 ラテンアメリカ
11.4.1 ブラジル
11.4.1.1 市場動向
11.4.1.2 市場予測
11.4.2 メキシコ
11.4.2.1 市場動向
11.4.2.2 市場予測
11.4.3 その他
11.4.3.1 市場動向
11.4.3.2 市場予測
11.5 中東およびアフリカ
11.5.1 市場動向
11.5.2 国別市場内訳
11.5.3 市場予測
12 SWOT分析
12.1 概要
12.2 強み
12.3 弱み
12.4 機会
12.5 脅威
13 バリューチェーン分析
14 ポーターのファイブフォース分析
14.1 概要
14.2 買い手の交渉力
14.3 サプライヤーの交渉力
14.4 競争の程度
14.5 新規参入者の脅威
14.6 代替品の脅威
15 価格分析
16 競争環境
16.1 市場構造
16.2 主要企業
16.3 主要企業のプロファイル
16.3.1 10x Genomics
16.3.1.1 会社概要
16.3.1.2 製品ポートフォリオ
16.3.1.3 財務状況
16.3.2 Becton, Dickinson and Company
16.3.2.1 会社概要
16.3.2.2 製品ポートフォリオ
16.3.2.3 財務状況
16.3.2.4 SWOT分析
16.3.3 BGI
16.3.3.1 会社概要
16.3.3.2 製品ポートフォリオ
16.3.3.3 財務状況
16.3.4 Bio-Rad Laboratories, Inc.
16.3.4.1 会社概要
16.3.4.2 製品ポートフォリオ
16.3.4.3 財務状況
16.3.4.4 SWOT分析
16.3.5 Bruker Spatial Biology, Inc.
16.3.5.1 会社概要
16.3.5.2 製品ポートフォリオ
16.3.5.3 財務状況
16.3.5.4 SWOT分析
16.3.6 Illumina, Inc.
16.3.6.1 会社概要
16.3.6.2 製品ポートフォリオ
16.3.6.3 財務状況
16.3.6.4 SWOT分析
16.3.7 Miltenyi Biotec
16.3.7.1 会社概要
16.3.7.2 製品ポートフォリオ
16.3.7.3 財務状況
16.3.7.4 SWOT分析
16.3.8 Mission Bio
16.3.8.1 会社概要
16.3.8.2 製品ポートフォリオ
16.3.9 NanoCellect Biomedical
16.3.9.1 会社概要
16.3.9.2 製品ポートフォリオ
16.3.10 Qiagen N.V.
16.3.10.1 会社概要
16.3.10.2 製品ポートフォリオ
16.3.10.3 財務状況
16.3.10.4 SWOT分析
16.3.11 Standard BioTools
16.3.11.1 企業概要
16.3.11.2 製品ポートフォリオ
16.3.11.3 財務状況
16.3.11.4 SWOT分析
16.3.12 Takara Bio Inc.
16.3.12.1 企業概要
16.3.12.2 製品ポートフォリオ
16.3.12.3 財務状況
16.3.13 Thermo Fisher Scientific Inc.
16.3.13.1 企業概要
16.3.13.2 製品ポートフォリオ
16.3.13.3 財務状況
16.3.13.4 SWOT分析
図目次
図1: 世界のシングルセルマルチオミクス市場：主要な推進要因と課題
図2: 世界のシングルセルマルチオミクス市場：販売額（10億米ドル）、2019-2024年
図3: 世界のシングルセルマルチオミクス市場予測：販売額（10億米ドル）、2025-2033年
図4: 世界のシングルセルマルチオミクス市場：タイプ別内訳（%）、2024年
図5: 世界のシングルセルマルチオミクス市場：製品タイプ別内訳（%）、2024年
図6: 世界のシングルセルマルチオミクス市場：技術別内訳（%）、2024年
図7: 世界のシングルセルマルチオミクス市場：用途別内訳（%）、2024年
図8: 世界のシングルセルマルチオミクス市場：エンドユーザー別内訳（%）、2024年
図9: 世界のシングルセルマルチオミクス市場：地域別内訳（%）、2024年
図10: 世界のシングルセルマルチオミクス（シングルセルゲノミクス）市場：販売額（100万米ドル）、2019年および2024年
図11: 世界のシングルセルマルチオミクス（シングルセルゲノミクス）市場予測：販売額（100万米ドル）、2025-2033年
図12: 世界のシングルセルマルチオミクス（シングルセルプロテオミクス）市場：販売額（100万米ドル）、2019年および2024年
図13: 世界のシングルセルマルチオミクス（シングルセルプロテオミクス）市場予測：販売額（100万米ドル）、2025-2033年
図14: 世界のシングルセルマルチオミクス（シングルセルトランスクリプトミクス）市場：販売額（100万米ドル）、2019年および2024年
図15: 世界のシングルセルマルチオミクス（シングルセルトランスクリプトミクス）市場予測：販売額（100万米ドル）、2025-2033年
図16: 世界のシングルセルマルチオミクス（シングルセルメタボロミクス）市場：販売額（100万米ドル）、2019年および2024年
図17: 世界のシングルセルマルチオミクス（シングルセルメタボロミクス）市場予測：販売額（100万米ドル）、2025-2033年
図18: 世界のシングルセルマルチオミクス（消耗品）市場：販売額（100万米ドル）、2019年および2024年
図19: 世界のシングルセルマルチオミクス（消耗品）市場予測：販売額（100万米ドル）、2025-2033年
図20: 世界のシングルセルマルチオミクス（機器）市場：販売額（100万米ドル）、2019年および2024年
図21: 世界のシングルセルマルチオミクス（機器）市場予測：販売額（100万米ドル）、2025-2033年
図22: 世界のシングルセルマルチオミクス（ソフトウェア）市場：販売額（100万米ドル）、2019年および2024年
図23: 世界のシングルセルマルチオミクス（ソフトウェア）市場予測：販売額（100万米ドル）、2025-2033年
図24: 世界のシングルセルマルチオミクス（シングルセル分離・分注）市場：販売額（100万米ドル）、2019年および2024年
図25: 世界のシングルセルマルチオミクス（シングルセル分離・分注）市場予測：販売額（100万米ドル）、2025-2033年
図26: 世界のシングルセルマルチオミクス（シングルセル解析）市場：販売額（100万米ドル）、2019年および2024年
図27: 世界のシングルセルマルチオミクス（シングルセル解析）市場予測：販売額（100万米ドル）、2025-2033年
図28: 世界のシングルセルマルチオミクス（腫瘍学）市場：販売額（100万米ドル）、2019年および2024年
図29: 世界のシングルセルマルチオミクス（腫瘍学）市場予測：販売額（100万米ドル）、2025-2033年
図30: 世界のシングルセルマルチオミクス（細胞生物学）市場：販売額（100万米ドル）、2019年および2024年
図31：世界：シングルセルマルチオミクス（細胞生物学）市場予測：販売額（百万米ドル）、2025年～2033年
図32：世界：シングルセルマルチオミクス（神経学）市場：販売額（百万米ドル）、2019年および2024年
図33：世界：シングルセルマルチオミクス（神経学）市場予測：販売額（百万米ドル）、2025年～2033年
図34：世界：シングルセルマルチオミクス（その他の用途）市場：販売額（百万米ドル）、2019年および2024年
図35：世界：シングルセルマルチオミクス（その他の用途）市場予測：販売額（百万米ドル）、2025年～2033年
図36：世界：シングルセルマルチオミクス（学術機関）市場：販売額（百万米ドル）、2019年および2024年
図37：世界：シングルセルマルチオミクス（学術機関）市場予測：販売額（百万米ドル）、2025年～2033年
図38：世界：シングルセルマルチオミクス（受託研究機関）市場：販売額（百万米ドル）、2019年および2024年
図39：世界：シングルセルマルチオミクス（受託研究機関）市場予測：販売額（百万米ドル）、2025年～2033年
図40：世界：シングルセルマルチオミクス（製薬・バイオテクノロジー企業）市場：販売額（百万米ドル）、2019年および2024年
図41：世界：シングルセルマルチオミクス（製薬・バイオテクノロジー企業）市場予測：販売額（百万米ドル）、2025年～2033年
図42：北米：シングルセルマルチオミクス市場：販売額（百万米ドル）、2019年および2024年
図43：北米：シングルセルマルチオミクス市場予測：販売額（百万米ドル）、2025年～2033年
図44：米国：シングルセルマルチオミクス市場：販売額（百万米ドル）、2019年および2024年
図45：米国：シングルセルマルチオミクス市場予測：販売額（百万米ドル）、2025年～2033年
図46：カナダ：シングルセルマルチオミクス市場：販売額（百万米ドル）、2019年および2024年
図47：カナダ：シングルセルマルチオミクス市場予測：販売額（百万米ドル）、2025年～2033年
図48：アジア太平洋：シングルセルマルチオミクス市場：販売額（百万米ドル）、2019年および2024年
図49：アジア太平洋：シングルセルマルチオミクス市場予測：販売額（百万米ドル）、2025年～2033年
図50：中国：シングルセルマルチオミクス市場：販売額（百万米ドル）、2019年および2024年
図51：中国：シングルセルマルチオミクス市場予測：販売額（百万米ドル）、2025年～2033年
図52：日本：シングルセルマルチオミクス市場：販売額（百万米ドル）、2019年および2024年
図53：日本：シングルセルマルチオミクス市場予測：販売額（百万米ドル）、2025年～2033年
図54：インド：シングルセルマルチオミクス市場：販売額（百万米ドル）、2019年および2024年
図55：インド：シングルセルマルチオミクス市場予測：販売額（百万米ドル）、2025年～2033年
図56：韓国：シングルセルマルチオミクス市場：販売額（百万米ドル）、2019年および2024年
図57：韓国：シングルセルマルチオミクス市場予測：販売額（百万米ドル）、2025年～2033年
図58：オーストラリア：シングルセルマルチオミクス市場：販売額（百万米ドル）、2019年および2024年
図59：オーストラリア：シングルセルマルチオミクス市場予測：販売額（百万米ドル）、2025年～2033年
図60：インドネシア：シングルセルマルチオミクス市場：販売額（百万米ドル）、2019年および2024年
図61：インドネシア：シングルセルマルチオミクス市場予測：販売額（百万米ドル）、2025年～2033年
図62：その他：シングルセルマルチオミクス市場：販売額（百万米ドル）、2019年および2024年
図63：その他：シングルセルマルチオミクス市場予測：販売額（百万米ドル）、2025年～2033年
図64：欧州：シングルセルマルチオミクス市場：販売額（百万米ドル）、2019年および2024年
図65：欧州：シングルセルマルチオミクス市場予測：販売額（百万米ドル）、2025年～2033年
図66：ドイツ：シングルセルマルチオミクス市場：販売額（百万米ドル）、2019年および2024年
図67：ドイツ：シングルセルマルチオミクス市場予測：販売額（百万米ドル）、2025年～2033年
図68：フランス：シングルセルマルチオミクス市場：販売額（百万米ドル）、2019年および2024年
図69：フランス：シングルセルマルチオミクス市場予測：売上高（百万米ドル）、2025-2033年
図70：イギリス：シングルセルマルチオミクス市場：売上高（百万米ドル）、2019年および2024年
図71：イギリス：シングルセルマルチオミクス市場予測：売上高（百万米ドル）、2025-2033年
図72：イタリア：シングルセルマルチオミクス市場：売上高（百万米ドル）、2019年および2024年
図73：イタリア：シングルセルマルチオミクス市場予測：売上高（百万米ドル）、2025-2033年
図74：スペイン：シングルセルマルチオミクス市場：売上高（百万米ドル）、2019年および2024年
図75：スペイン：シングルセルマルチオミクス市場予測：売上高（百万米ドル）、2025-2033年
図76：ロシア：シングルセルマルチオミクス市場：売上高（百万米ドル）、2019年および2024年
図77：ロシア：シングルセルマルチオミクス市場予測：売上高（百万米ドル）、2025-2033年
図78：その他：シングルセルマルチオミクス市場：売上高（百万米ドル）、2019年および2024年
図79：その他：シングルセルマルチオミクス市場予測：売上高（百万米ドル）、2025-2033年
図80：ラテンアメリカ：シングルセルマルチオミクス市場：売上高（百万米ドル）、2019年および2024年
図81：ラテンアメリカ：シングルセルマルチオミクス市場予測：売上高（百万米ドル）、2025-2033年
図82：ブラジル：シングルセルマルチオミクス市場：売上高（百万米ドル）、2019年および2024年
図83：ブラジル：シングルセルマルチオミクス市場予測：売上高（百万米ドル）、2025-2033年
図84：メキシコ：シングルセルマルチオミクス市場：売上高（百万米ドル）、2019年および2024年
図85：メキシコ：シングルセルマルチオミクス市場予測：売上高（百万米ドル）、2025-2033年
図86：その他：シングルセルマルチオミクス市場：売上高（百万米ドル）、2019年および2024年
図87：その他：シングルセルマルチオミクス市場予測：売上高（百万米ドル）、2025-2033年
図88：中東・アフリカ：シングルセルマルチオミクス市場：売上高（百万米ドル）、2019年および2024年
図89：中東・アフリカ：シングルセルマルチオミクス市場：国別内訳（%）、2024年
図90：中東・アフリカ：シングルセルマルチオミクス市場予測：売上高（百万米ドル）、2025-2033年
図91：世界：シングルセルマルチオミクス産業：SWOT分析
図92：世界：シングルセルマルチオミクス産業：バリューチェーン分析
図93：世界：シングルセルマルチオミクス産業：ポーターのファイブフォース分析
シングルセルマルチオミクスは、個々の細胞から複数の種類の分子データ（ゲノム、トランスクリプトーム、プロテオーム、エピゲノムなど）を同時に解析する先端技術です。従来のバルク解析では、多数の細胞の平均的な情報しか得られませんでしたが、この技術を用いることで、細胞集団内の不均一性や、個々の細胞が持つ独自の特性、状態、機能などを高解像度で理解することが可能になります。これにより、複雑な生物学的プロセスや疾患メカニズムの解明に大きく貢献します。
この分野には様々な組み合わせが存在します。代表的なものとしては、単一細胞の遺伝子発現（トランスクリプトーム）とクロマチンアクセシビリティ（エピゲノム）を同時に解析するscRNA-seqとscATAC-seqの統合解析があります。また、遺伝子発現と細胞表面タンパク質の発現を同時に測定するCITE-seq（Cellular Indexing of Transcriptomes and Epitopes by Sequencing）や、遺伝子発現とDNAメチル化を組み合わせる手法、さらには遺伝子発現とゲノム変異を同時に捉える技術なども開発されています。これらの手法は、細胞の多角的な情報を一度に取得することで、より包括的な理解を可能にします。
シングルセルマルチオミクスは、生命科学と医学の幅広い分野で応用されています。例えば、がん研究では、腫瘍内の細胞多様性、薬剤耐性メカニズム、転移経路の特定に役立ちます。発生生物学においては、細胞の分化経路や細胞系譜の追跡、組織形成のメカニズム解明に貢献します。免疫学では、免疫細胞の多様な状態や機能、細胞間相互作用の解析に不可欠です。さらに、神経科学、感染症研究、創薬、個別化医療など、多岐にわたる分野で疾患の病態解明や新たな治療法の開発に繋がる知見を提供しています。
シングルセルマルチオミクスを支える関連技術も急速に進歩しています。細胞の単離には、マイクロ流体技術（例：10x GenomicsのChromiumシステム、Drop-seq）やフローサイトメトリー（FACS）が用いられます。分子データの読み取りには次世代シーケンサー（NGS）が不可欠です。得られた膨大なデータの解析には、高度なバイオインフォマティクス技術が求められ、データ統合、次元削減、細胞クラスタリング、細胞軌跡推定、ネットワーク解析などの専門的な計算ツールが開発されています。また、細胞の空間的な位置情報を保持したままマルチオミクス解析を行う空間マルチオミクス（例：Visium、MERFISH）も、組織レベルでの細胞間相互作用を理解するための重要な関連技術として注目されています。