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世界の微生物同定市場は、2024年に50億米ドルに達し、2033年には年平均成長率（CAGR）9.62%で119億米ドルに拡大すると予測されています。この市場成長を牽引する主な要因は多岐にわたります。
第一に、食品安全検査への注力強化が挙げられます。食品・飲料業界では、サルモネラ菌、大腸菌、リステリア菌などの有害な微生物による食中毒を防ぐため、製品の安全性と規制遵守が極めて重要です。微生物同定は、これらの感染症の早期発見と除去に不可欠であり、EFSAやFDAなどの機関が定める食品安全要件への準拠を支援します。また、腐敗微生物の特定は食品の賞味期限を決定し、包装の最適化を通じて製品寿命を延ばすのに役立ちます。IMARC Groupの推計によると、食品安全検査の世界市場は2023年に232億米ドルに達しています。
第二に、製薬およびバイオテクノロジー産業の拡大が市場を大きく後押ししています。これらの分野では、微生物同定は規制遵守と患者の安全確保のために不可欠です。医薬品製造における微生物汚染の監視と管理、新薬開発における微生物の相互作用、効果、安全性プロファイルの理解、さらにはバイオリアクターや発酵プロセスの無菌性試験とモニタリングに利用されます。例えば、メルク社は2023年5月にバイオセーフティ試験に3,500万ユーロを投資するなど、製薬企業は医薬品の有効性向上を目的とした微生物同定試験への投資を強化しています。
第三に、水処理および廃棄物管理における環境モニタリングの必要性の高まりも重要な推進要因です。飲料水の安全性と品質確保への関心が高まる中、水源における微生物汚染（大腸菌、レジオネラ菌、クリプトスポリジウムなど）を検出するための定期的なモニタリングが不可欠です。効率的な廃水処理プロセスにおいても、有害微生物の環境への拡散を防ぐために継続的なモニタリングが求められます。Lovibond®が工業用水処理向けに専用テストキットを導入した例のように、企業は水処理用途に特化した微生物同定製品への投資を進めています。
市場の主要な推進要因としては、先進技術の導入や感染症の有病率増加も挙げられます。地理的には、発達した医療インフラを持つ北米が最大の市場シェアを占めています。
競争環境には、Beckman Coulter Inc.、Biolog、BioMerieux、Bruker Corporation、Thermo Fisher Scientific Inc.、島津製作所など、多数の主要企業が存在します。
市場は、製品とサービス（機器とソフトウェア、消耗品、パネル/IDカードと培地キット、その他、サービス）、技術、方法、アプリケーションに基づいてセグメント化されています。
課題としては、先進技術の高コストが挙げられますが、より効率的で正確かつ費用対効果の高い微生物同定技術の開発、および業界プレーヤー間の協力やパートナーシップが、これらの課題を克服し、新たな市場機会を創出すると期待されています。
微生物同定市場は、機器、消耗品、サービスで構成される。機器には、迅速かつ正確な微生物同定に不可欠なPCR装置や、複雑な微生物データを分析する高度なソフトウェアが含まれる。消耗品としては、微生物同定用のパネル、IDカード、培地、キット（PCRキット、病原体検出キット、ELISAキットなど）が挙げられる。サービスは、機器の校正・保守、微生物同定の外部委託、複雑な微生物データの分析・解釈といった専門的なサポートを提供する。
技術別に見ると、質量分析法、PCR、フローサイトメトリー、顕微鏡法などがある中で、質量分析法が市場最大のシェアを占めている。質量分析法は、細菌、真菌、その他の微生物を数分で迅速かつ正確に同定できる。大規模な微生物ライブラリに支えられ、幅広い微生物の認識能力が向上している。また、サンプルコストが低く、臨床検体、環境サンプル、食品など多様なサンプルを分析できるため、他の方法と比較して長期的に経済的である。さらに、他の同定技術やLIMS（ラボ情報管理システム）との統合も可能であり、様々な用途での有用性が高まり、市場の成長を牽引すると予測されている。
方法別では、表現型解析法、遺伝子型解析法、プロテオミクスベース法があり、表現型解析法が最大の市場セグメントを占める。生化学的検査、培養ベース技術、形態学的評価を含む表現型解析法は、その信頼性が実証されている。遺伝子型解析法や質量分析法に比べて費用対効果が高く、安価な機器や試薬で実施できるため、予算が限られた研究室を含む幅広い施設で利用しやすい。また、比較的実施が容易で、専門的な訓練や高度な機器を必要としないため、特に資源が限られた環境での普及が進んでいる。
用途別では、診断、食品・飲料検査、医薬品、化粧品・パーソナルケア製品検査などが挙げられる。診断分野では、臨床診断における微生物同定の利用が増加しており、病原体の迅速かつ正確な同定は、適切な治療法の選択と患者ケアに不可欠である。院内感染（HAIs）の特定と監視は、アウトブレイクの予防と患者の安全確保に重要であり、地域社会における微生物病原体の監視は、感染症の拡大抑制と公衆衛生危機管理に役立つ。食品・飲料検査では、食中毒の予防と消費者安全の確保のため、微生物同定の必要性が高まっている。定期的な微生物検査は、腐敗菌の検出を通じて食品の品質維持に貢献し、食品安全基準への準拠を保証する。医薬品分野では、患者の安全と規制遵守のため、製品が微生物汚染から解放されていることが極めて重要である。注射薬や医療機器を含む医薬品の定期的な無菌性試験は、感染症予防に不可欠であり、発酵などのバイオ医薬品製造工程における微生物汚染の特定と管理は、製品の安全性と有効性にとって重要である。化粧品・パーソナルケア製品検査は、微生物汚染の特定、製品の保存期間延長、長期的な安全性確保のために不可欠であり、製造過程での定期的な微生物検査は、製品の品質と一貫性を維持するのに役立つ。
地域別では、北米、アジア太平洋、欧州、中南米、中東・アフリカがあり、北米が微生物同定市場で最大のシェアを占めている。特に米国とカナダを含む北米は、発達した医療インフラを有しており、これが微生物同定の広範な利用を支えている。
微生物同定市場は、感染症の蔓延と食品安全、医薬品、環境モニタリングに関する厳格な規制要件により、迅速かつ正確な技術への需要が世界的に高まっています。特に北米では、感染症の負担が大きく、市場成長を牽引しています。主要企業は、パートナーシップや新規研究施設の開設を通じて事業を拡大しており、例えばEurofins|CRLは2023年6月にテキサス州に微生物学研究所を開設し、化粧品などの品質管理能力を強化しました。
競争環境では、市場のトップ企業は次世代シーケンシング（NGS）やPCRベースの手法、自動化システム、AI/ML統合など、革新的な微生物同定技術の研究開発に注力しています。これにより、同定の精度と速度が向上しています。また、市場プレゼンスを高めるため新施設を開設しており、2023年8月にはAMPATHがインド北部での事業拡大の一環としてグルガオンに参照ラボを開設し、幅広い診断テストを提供しています。
最近の市場動向として、2023年4月にはBruker Corporationが臨床微生物学向けのMALDI Biotyper® IVDソフトウェアとLiquidArray®消化器症候群パネルを発表。同年5月にはCharles River Laboratories International, Inc.が細菌・真菌同定用のAccugenix® NGSを発売し、微生物制御情報を提供。さらに11月にはQIAGENが、微生物叢研究の効率と再現性を高めるMicrobiome WGS SeqSetsをリリースしました。主要企業にはBeckman Coulter、BioMerieux、Bruker、Charles River、Eurofins Scientificなどが挙げられます。
本レポートは、2019年から2033年までの世界の微生物同定市場を包括的に分析します。2024年を基準年とし、市場の促進要因、課題、機会、および製品・サービス（機器、ソフトウェア、消耗品、サービス）、技術（質量分析、PCR、フローサイトメトリーなど）、方法（表現型、遺伝子型、プロテオミクスベース）、アプリケーション（診断、食品・飲料、医薬品、化粧品など）、地域（アジア太平洋、ヨーロッパ、北米、ラテンアメリカ、中東・アフリカ）ごとの詳細な市場評価を提供します。米国、日本、中国、インドを含む主要国も対象です。
ステークホルダーは、本レポートを通じて市場セグメントの定量的分析、トレンド、予測、ダイナミクスを把握できます。また、市場の推進要因、課題、機会に関する最新情報、主要な地域市場の特定、ポーターのファイブフォース分析による競争レベルの評価、および主要企業の競争環境に関する洞察を得ることが可能です。
1 序文
2 範囲と方法論
2.1 調査目的
2.2 関係者
2.3 データソース
2.3.1 一次情報源
2.3.2 二次情報源
2.4 市場推定
2.4.1 ボトムアップアプローチ
2.4.2 トップダウンアプローチ
2.5 予測方法論
3 エグゼクティブサマリー
4 序論
4.1 概要
4.2 主要な業界トレンド
5 世界の微生物同定市場
5.1 市場概要
5.2 市場実績
5.3 COVID-19の影響
5.4 市場予測
6 製品・サービス別市場内訳
6.1 機器とソフトウェア
6.1.1 市場トレンド
6.1.2 市場予測
6.2 消耗品
6.2.1 市場トレンド
6.2.2 主要セグメント
6.2.2.1 パネル/IDカードと培地
6.2.2.2 キット
6.2.2.3 その他
6.2.3 市場予測
6.3 サービス
6.3.1 市場トレンド
6.3.2 市場予測
7 技術別市場内訳
7.1 質量分析
7.1.1 市場トレンド
7.1.2 市場予測
7.2 PCR
7.2.1 市場トレンド
7.2.2 市場予測
7.3 フローサイトメトリー
7.3.1 市場トレンド
7.3.2 市場予測
7.4 顕微鏡
7.4.1 市場トレンド
7.4.2 市場予測
7.5 その他
7.5.1 市場トレンド
7.5.2 市場予測
8 手法別市場内訳
8.1 表現型解析法
8.1.1 市場トレンド
8.1.2 市場予測
8.2 遺伝子型解析法
8.2.1 市場トレンド
8.2.2 市場予測
8.3 プロテオミクスベースの手法
8.3.1 市場トレンド
8.3.2 市場予測
9 用途別市場内訳
9.1 診断
9.1.1 市場トレンド
9.1.2 市場予測
9.2 食品・飲料検査
9.2.1 市場トレンド
9.2.2 市場予測
9.3 医薬品
9.3.1 市場トレンド
9.3.2 市場予測
9.4 化粧品・パーソナルケア製品検査
9.4.1 市場トレンド
9.4.2 市場予測
9.5 その他
9.5.1 市場トレンド
9.5.2 市場予測
10 地域別市場内訳
10.1 北米
10.1.1 米国
10.1.1.1 市場トレンド
10.1.1.2 市場予測
10.1.2 カナダ
10.1.2.1 市場トレンド
10.1.2.2 市場予測
10.2 アジア太平洋
10.2.1 中国
10.2.1.1 市場トレンド
10.2.1.2 市場予測
10.2.2 日本
10.2.2.1 市場トレンド
10.2.2.2 市場予測
10.2.3 インド
10.2.3.1 市場トレンド
10.2.3.2 市場予測
10.2.4 韓国
10.2.4.1 市場トレンド
10.2.4.2 市場予測
10.2.5 オーストラリア
10.2.5.1 市場トレンド
10.2.5.2 市場予測
10.2.6 インドネシア
10.2.6.1 市場トレンド
10.2.6.2 市場予測
10.2.7 その他
10.2.7.1 市場トレンド
10.2.7.2 市場予測
10.3 欧州
10.3.1 ドイツ
10.3.1.1 市場トレンド
10.3.1.2 市場予測
10.3.2 フランス
10.3.2.1 市場トレンド
10.3.2.2 市場予測
10.3.3 英国
10.3.3.1 市場トレンド
10.3.3.2 市場予測
10.3.4 イタリア
10.3.4.1 市場トレンド
10.3.4.2 市場予測
10.3.5 スペイン
10.3.5.1 市場動向
10.3.5.2 市場予測
10.3.6 ロシア
10.3.6.1 市場動向
10.3.6.2 市場予測
10.3.7 その他
10.3.7.1 市場動向
10.3.7.2 市場予測
10.4 ラテンアメリカ
10.4.1 ブラジル
10.4.1.1 市場動向
10.4.1.2 市場予測
10.4.2 メキシコ
10.4.2.1 市場動向
10.4.2.2 市場予測
10.4.3 その他
10.4.3.1 市場動向
10.4.3.2 市場予測
10.5 中東・アフリカ
10.5.1 市場動向
10.5.2 国別市場内訳
10.5.3 市場予測
11 SWOT分析
11.1 概要
11.2 強み
11.3 弱み
11.4 機会
11.5 脅威
12 バリューチェーン分析
13 ポーターの5つの力分析
13.1 概要
13.2 買い手の交渉力
13.3 売り手の交渉力
13.4 競争の程度
13.5 新規参入の脅威
13.6 代替品の脅威
14 価格分析
15 競争環境
15.1 市場構造
15.2 主要企業
15.3 主要企業のプロファイル
15.3.1 ベックマン・コールター社
15.3.1.1 会社概要
15.3.1.2 製品ポートフォリオ
15.3.1.3 SWOT分析
15.3.2 バイオログ
15.3.2.1 会社概要
15.3.2.2 製品ポートフォリオ
15.3.3 バイオメリュー
15.3.3.1 会社概要
15.3.3.2 製品ポートフォリオ
15.3.3.3 財務状況
15.3.3.4 SWOT分析
15.3.4 ブルカー・コーポレーション
15.3.4.1 会社概要
15.3.4.2 製品ポートフォリオ
15.3.4.3 財務状況
15.3.4.4 SWOT分析
15.3.5 チャールズ・リバー・ラボラトリーズ社
15.3.5.1 会社概要
15.3.5.2 製品ポートフォリオ
15.3.5.3 財務状況
15.3.5.4 SWOT分析
15.3.6 ユーロフィン・サイエンティフィック
15.3.6.1 会社概要
15.3.6.2 製品ポートフォリオ
15.3.6.3 財務状況
15.3.6.4 SWOT分析
15.3.7 リオフィルケム S.r.l
15.3.7.1 会社概要
15.3.7.2 製品ポートフォリオ
15.3.8 島津製作所
15.3.8.1 会社概要
15.3.8.2 製品ポートフォリオ
15.3.8.3 財務状況
15.3.8.4 SWOT分析
15.3.9 サーモフィッシャーサイエンティフィック社
15.3.9.1 会社概要
15.3.9.2 製品ポートフォリオ
15.3.9.3 財務状況
15.3.9.4 SWOT分析
15.3.10 ウィッカム・マイクロ・リミテッド
15.3.10.1 会社概要
15.3.10.2 製品ポートフォリオ
図表リスト
図1：世界の微生物同定市場：主要な推進要因と課題
図2：世界の微生物同定市場：販売額（10億米ドル）、2019-2024年
図3：世界の微生物同定市場予測：販売額（10億米ドル）、2025-2033年
図4：世界の微生物同定市場：製品・サービス別内訳（%）、2024年
図5：世界の微生物同定市場：技術別内訳（%）、2024年
図6：世界の微生物同定市場：手法別内訳（%）、2024年
図7：世界の微生物同定市場：用途別内訳（%）、2024年
図8：世界の微生物同定市場：地域別内訳（%）、2024年
図9：世界：微生物同定（機器およびソフトウェア）市場：販売額（百万米ドル）、2019年および2024年
図10：世界：微生物同定（機器およびソフトウェア）市場予測：販売額（百万米ドル）、2025年～2033年
図11：世界：微生物同定（消耗品）市場：販売額（百万米ドル）、2019年および2024年
図12：世界：微生物同定（消耗品）市場予測：販売額（百万米ドル）、2025年～2033年
図13：世界：微生物同定（サービス）市場：販売額（百万米ドル）、2019年および2024年
図14：世界：微生物同定（サービス）市場予測：販売額（百万米ドル）、2025年～2033年
図15：世界：微生物同定（質量分析）市場：販売額（百万米ドル）、2019年および2024年
図16：世界：微生物同定（質量分析）市場予測：販売額（百万米ドル）、2025年～2033年
図17：世界：微生物同定（PCR）市場：販売額（百万米ドル）、2019年および2024年
図18：世界：微生物同定（PCR）市場予測：販売額（百万米ドル）、2025年～2033年
図19：世界：微生物同定（フローサイトメトリー）市場：販売額（百万米ドル）、2019年および2024年
図20：世界：微生物同定（フローサイトメトリー）市場予測：販売額（百万米ドル）、2025年～2033年
図21：世界：微生物同定（顕微鏡）市場：販売額（百万米ドル）、2019年および2024年
図22：世界：微生物同定（顕微鏡）市場予測：販売額（百万米ドル）、2025年～2033年
図23：世界：微生物同定（その他の技術）市場：販売額（百万米ドル）、2019年および2024年
図24：世界：微生物同定（その他の技術）市場予測：販売額（百万米ドル）、2025年～2033年
図25：世界：微生物同定（表現型分析法）市場：販売額（百万米ドル）、2019年および2024年
図26：世界：微生物同定（表現型分析法）市場予測：販売額（百万米ドル）、2025年～2033年
図27：世界：微生物同定（遺伝子型分析法）市場：販売額（百万米ドル）、2019年および2024年
図28：世界：微生物同定（遺伝子型分析法）市場予測：販売額（百万米ドル）、2025年～2033年
図29：世界：微生物同定（プロテオミクスベース分析法）市場：販売額（百万米ドル）、2019年および2024年
図30：世界：微生物同定（プロテオミクスベース分析法）市場予測：販売額（百万米ドル）、2025年～2033年
図31：世界：微生物同定（診断）市場：販売額（百万米ドル）、2019年および2024年
図32：世界：微生物同定（診断）市場予測：販売額（百万米ドル）、2025年～2033年
図33：世界：微生物同定（食品・飲料検査）市場：販売額（百万米ドル）、2019年および2024年
図34：世界：微生物同定（食品・飲料検査）市場予測：販売額（百万米ドル）、2025年～2033年
図35：世界：微生物同定（医薬品）市場：販売額（百万米ドル）、2019年および2024年
図36：世界：微生物同定（医薬品）市場予測：販売額（百万米ドル）、2025年～2033年
図37：世界：微生物同定（化粧品・パーソナルケア製品検査）市場：販売額（百万米ドル）、2019年および2024年
図38：世界：微生物同定（化粧品・パーソナルケア製品検査）市場予測：販売額（百万米ドル）、2025年～2033年
図39：世界：微生物同定（その他の用途）市場：販売額（百万米ドル）、2019年および2024年
図40：世界：微生物同定（その他の用途）市場予測：販売額（百万米ドル）、2025年～2033年
図41：北米：微生物同定市場：販売額（百万米ドル）、2019年および2024年
図42：北米：微生物同定市場予測：販売額（百万米ドル）、2025年～2033年
図43: 米国: 微生物同定市場: 販売額 (百万米ドル), 2019年および2024年
図44: 米国: 微生物同定市場予測: 販売額 (百万米ドル), 2025年～2033年
図45: カナダ: 微生物同定市場: 販売額 (百万米ドル), 2019年および2024年
図46: カナダ: 微生物同定市場予測: 販売額 (百万米ドル), 2025年～2033年
図47: アジア太平洋: 微生物同定市場: 販売額 (百万米ドル), 2019年および2024年
図48: アジア太平洋: 微生物同定市場予測: 販売額 (百万米ドル), 2025年～2033年
図49: 中国: 微生物同定市場: 販売額 (百万米ドル), 2019年および2024年
図50: 中国: 微生物同定市場予測: 販売額 (百万米ドル), 2025年～2033年
図51: 日本: 微生物同定市場: 販売額 (百万米ドル), 2019年および2024年
図52: 日本: 微生物同定市場予測: 販売額 (百万米ドル), 2025年～2033年
図53: インド: 微生物同定市場: 販売額 (百万米ドル), 2019年および2024年
図54: インド: 微生物同定市場予測: 販売額 (百万米ドル), 2025年～2033年
図55: 韓国: 微生物同定市場: 販売額 (百万米ドル), 2019年および2024年
図56: 韓国: 微生物同定市場予測: 販売額 (百万米ドル), 2025年～2033年
図57: オーストラリア: 微生物同定市場: 販売額 (百万米ドル), 2019年および2024年
図58: オーストラリア: 微生物同定市場予測: 販売額 (百万米ドル), 2025年～2033年
図59: インドネシア: 微生物同定市場: 販売額 (百万米ドル), 2019年および2024年
図60: インドネシア: 微生物同定市場予測: 販売額 (百万米ドル), 2025年～2033年
図61: その他: 微生物同定市場: 販売額 (百万米ドル), 2019年および2024年
図62: その他: 微生物同定市場予測: 販売額 (百万米ドル), 2025年～2033年
図63: 欧州: 微生物同定市場: 販売額 (百万米ドル), 2019年および2024年
図64: 欧州: 微生物同定市場予測: 販売額 (百万米ドル), 2025年～2033年
図65: ドイツ: 微生物同定市場: 販売額 (百万米ドル), 2019年および2024年
図66: ドイツ: 微生物同定市場予測: 販売額 (百万米ドル), 2025年～2033年
図67: フランス: 微生物同定市場: 販売額 (百万米ドル), 2019年および2024年
図68: フランス: 微生物同定市場予測: 販売額 (百万米ドル), 2025年～2033年
図69: 英国: 微生物同定市場: 販売額 (百万米ドル), 2019年および2024年
図70: 英国: 微生物同定市場予測: 販売額 (百万米ドル), 2025年～2033年
図71: イタリア: 微生物同定市場: 販売額 (百万米ドル), 2019年および2024年
図72: イタリア: 微生物同定市場予測: 販売額 (百万米ドル), 2025年～2033年
図73: スペイン: 微生物同定市場: 販売額 (百万米ドル), 2019年および2024年
図74: スペイン: 微生物同定市場予測: 販売額 (百万米ドル), 2025年～2033年
図75: ロシア: 微生物同定市場: 販売額 (百万米ドル), 2019年および2024年
図76: ロシア: 微生物同定市場予測: 販売額 (百万米ドル), 2025年～2033年
図77: その他: 微生物同定市場: 販売額 (百万米ドル), 2019年および2024年
図78: その他: 微生物同定市場予測: 販売額 (百万米ドル), 2025年～2033年
図79: ラテンアメリカ: 微生物同定市場: 販売額 (百万米ドル), 2019年および2024年
図80: ラテンアメリカ: 微生物同定市場予測: 販売額 (百万米ドル), 2025年～2033年
図81: ブラジル: 微生物同定市場: 販売額 (百万米ドル), 2019年および2024年
図82: ブラジル: 微生物同定市場予測: 販売額 (百万米ドル), 2025年～2033年
図83: メキシコ: 微生物同定市場: 販売額（百万米ドル）、2019年および2024年
図84: メキシコ: 微生物同定市場予測: 販売額（百万米ドル）、2025年～2033年
図85: その他: 微生物同定市場: 販売額（百万米ドル）、2019年および2024年
図86: その他: 微生物同定市場予測: 販売額（百万米ドル）、2025年～2033年
図87: 中東およびアフリカ: 微生物同定市場: 販売額（百万米ドル）、2019年および2024年
図88: 中東およびアフリカ: 微生物同定市場: 国別内訳（%）、2024年
図89: 中東およびアフリカ: 微生物同定市場予測: 販売額（百万米ドル）、2025年～2033年
図90: 世界: 微生物同定産業: SWOT分析
図91: 世界: 微生物同定産業: バリューチェーン分析
図92: 世界: 微生物同定産業: ポーターの5つの力分析
微生物同定とは、細菌、真菌、ウイルスなどの微生物を、その形態、生理学的特性、遺伝学的情報に基づいて分類し、種レベルまで特定するプロセスです。食品安全、医療診断、環境モニタリング、産業プロセスなど、多岐にわたる分野で不可欠な技術です。
微生物同定には、表現型に基づく方法と遺伝子型に基づく方法があります。表現型に基づく方法には、顕微鏡を用いた細胞の形、大きさ、配列、グラム染色性などの形態学的観察、特定の基質代謝や酵素産生を調べる生化学的試験（APIテストストリップ、VITEKシステムなど）、微生物の表面抗原と特異的な抗体の反応を利用する免疫学的試験（ELISA、凝集反応など）があります。遺伝子型に基づく方法としては、微生物特有の遺伝子領域（例：細菌の16S rRNA遺伝子）を増幅するPCR法、増幅した遺伝子断片の塩基配列を決定し既知のデータベースと比較するDNAシーケンシング、微生物のタンパク質プロファイルを分析しデータベースと照合する質量分析法（MALDI-TOF MS）、そして微生物の全ゲノム情報を解析する全ゲノムシーケンシング（WGS）などがあります。これらはより高精度で迅速な同定を可能にします。
微生物同定は、様々な分野で重要な役割を果たします。医療分野では、感染症の原因菌を特定し、適切な治療法（抗生物質の選択など）を決定するために不可欠です。院内感染の追跡や薬剤耐性菌の検出にも用いられます。食品産業では、食品中の病原菌や腐敗菌を検出し、食品の安全性と品質を確保します。HACCPなどの品質管理システムにおいて重要です。環境科学では、水質汚染の原因菌の特定、土壌中の微生物群集の解析、バイオレメディエーションに関わる微生物の評価などに応用されます。製薬・バイオ産業では、発酵プロセスにおける有用微生物の管理、医薬品製造における微生物汚染の監視、新規微生物資源の探索などに利用されます。農業分野では、植物病原菌の診断、土壌微生物の健全性評価、生物農薬の開発などに貢献します。
微生物同定の精度と効率を高めるため、様々な関連技術が開発されています。VITEKやBD Phoenixのような自動微生物同定・薬剤感受性試験システムは、多数の検体を迅速かつ標準化された方法で処理します。シーケンシングデータや質量分析データを解析し、データベースと照合するためのバイオインフォマティクスは不可欠です。次世代シーケンサー（NGS）は、大量のDNA配列データを高速かつ低コストで取得できるため、メタゲノム解析など、複雑な微生物群集の同定に利用されます。リアルタイムPCRは、遺伝子増幅をリアルタイムでモニタリングし、迅速な検出と定量が可能です。